去（2022）年12月27日北檢指揮調查局台北市調處兵分2路搜索，共約談9人到案。檢方漏夜偵訊後，隔日（28）凌晨黃良雄以20萬元交保、張姓助理5萬元交保，其餘請回。面對媒體時，黃良雄否認詐領補助款，辯稱是有畢業不順利學生想挾怨報復，見大批記者守候更說「啊怎麼會這樣，我有這麼重要嗎？」、「還是有人要出我洋相？」
根據《中央社》報導，檢方起訴指出，經濟部水利署等機關於2009年8月至2019年3月間委託台大辦理「探討氣候變遷區域淹水模擬與災害管理規劃技術研究」；國立交通大學也委託台大土木系辦理石門水庫相關研究計畫，黃良雄為這些研究計畫的主持人或協同主持人。
檢方指出，黃良雄辦理相關研究計畫期間，要求張姓博士生設法將研究經費核銷完畢，張男便指示黃良雄的學生及研究助理，提供親友資料及帳號，掛名擔任臨時工或研究助理，向台大及交大核銷研究經費，總計新台幣347萬多元，今日依詐欺、偽造文書等罪起訴黃良雄，至於張姓博士生因認罪，檢方給予緩起訴處分。
《民視新聞網》提醒您：「任何人在依法被判決有罪確定前，均應推定為無罪」
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