進口蛋風暴滾雪球，農業部長陳吉仲前一晚間堅決請辭，週三（9月20日）就是他最後一天。在野陣營痛批他迴避星期五（9月22日）的專案報告，留下一個未解之謎就閃人。
立委（國）林為洲：「你現在問我巴西蛋到底有沒有打蠟，我還真回答不出來，因為農業部也回答不出來，一下說有一下說沒有，效期是90天、110天，還是120天，農業部給你的答案是哪個，到現在我們還不知道。」
立委（民眾）邱臣遠：「一切都是政治化，為什麼，你選擇在這個時候火速批准辭職，迴避立法院監督，把自己講的像英雄一樣，為社會的紛擾道歉，你有為了造成食安疑慮道歉嗎，你有把相關採購流程、合約，對巴西的過程公開透明嗎。」
藍白痛批綠營直到最後一刻都是政治考量。但陳吉仲前一天3度出面，最後一場記者會更解釋了將近1小時，也多次為造成社會紛擾鞠躬道歉。記者會結束1個多小時，再透過臉書發表請辭聲明，連未曾露面的畜產會董事長林聰賢也跟進。
外界質疑這有違政務官負起政治責任該有的流程，民進黨內新潮流、英系互鬥的傳聞甚囂塵上。
立委（國）賴士葆：「（請辭聲明）他沒有感謝鄭文燦，我猜啦，他可能認為現在做主的不是陳建仁，是鄭文燦，鄭文燦又是新系的，他一定懷恨這次被鬥倒，是新潮流主導。」
立委（民）洪申翰：「（鄭文燦說政務官要為政策負責），（是不是請陳部長走人），政務官會需要為政策負責，這句話天經地義，不用做太多揣測。」
行政院副院長鄭文燦：「陳吉仲做了很多費心的安排，也希望兩全其美，執行過程不夠周全，他也表達歉意，其他政治解讀或扭曲，都是不必要的。」
鄭文燦仍力挺進口蛋是正確決策，儘管陳吉仲請辭，要替爭議止血，但後續政治效應持續發酵。
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