農業部對此鄭重澄清如下：
1. 首先，使用液蛋作為庫存方式有效期限可達一年，使用用途廣泛且有彈性，對保障糧食安全有其必要。因此為了維持滾動安全庫存的基本水位，除了殼蛋以外也會採用液蛋形式庫存，而以此方式保存者本不生即將到期銷毀的問題。
2. 其次，5400萬顆待銷毀的雞蛋並非全數來自巴西，而9月27即將到期的雞蛋也非3000多萬顆，而是120萬到130萬顆左右，不生所謂3000萬庫存可能將到期銷毀的問題。
3. 相關評論應本於事實與證據，任意將5400萬顆待銷毀的各國進口雞蛋，拼湊不存在的所謂將銷毀的3000萬顆雞蛋，再將之加總影射成超思公司自進口巴西請口的8000萬顆雞蛋，恣意不當連結，誤導視聽，徒增紛擾，實無必要。
農業部說，另對於昨日有立委質詢畜產會與超思公司間合約的時間問題。經查畜產會核定同意與超思公司簽約之日期為3月28日，因時間緊迫超思公司馬上開始履約，同日即將第一批之蛋款匯給巴西業者，而該批雞蛋也依約定於3月30日離港。
至於雙方之書面契約係之後再用印完成手續。昨日行政院長陳建仁備詢時，農業部人員忙中有錯提供之契約日期誤為3月26日，致陳建仁轉述口誤，農業部併此澄清，並對此疏誤不足之處，特向立委、陳院長及社會大眾表示歉意。
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