698萬劑公費流感疫苗得標廠商包括349萬3450劑的國光佔50％、賽諾菲27.5％、台灣東洋12.4％與首次加入的高端，佔10.1％。不過國民黨就質疑高端的分裝、填充，有沒有經過完整的臨床試驗？
對此，疾管署表示，有關外界訴求，今年流感疫苗接種計畫應開放讓民眾選擇廠牌一事，疾管署說明流感疫苗已有多年使用經驗，今年採購之四價流感疫苗，是經食藥署針對製程管控、藥毒理試驗及臨床試驗結果進行嚴謹審查，且也完成第三期臨床試驗，確認其品質、安全及有效性後，始核發藥品許可證及上市，相關試驗報告經食藥署審查通過。
疾管署說明，各廠牌流感疫苗在保護力與不良反應發生率上均無差異，配合公費流感疫苗採「先到貨、先鋪貨、先使用」原則，民眾接種疫苗之廠牌將採隨機安排方式，提供民眾接種服務，民眾可依自身意願前往施打，非強制接種。
疾管署指出，目前國內核准製造或進口之流感疫苗皆為四價不活化疫苗，製程以雞胚胎蛋培養製程為主，另有細胞培養製程，都已在國際上有多年使用經驗。且據美國疾病管制中心（CDC）建議，四價不活化流感疫苗，不論廠牌皆視為相同，建議民眾可接種任一符合仿單適用年齡之流感疫苗。
疾管署進一步說明，今年考量目前國內取得流感疫苗許可證之5家廠商，其疫苗之製程、核准適用年齡、單價及最大供貨量等均有差異，為確保廠商履約品質並順利供貨，保障國人健康，今年以最有利標方式辦理，邀請疫苗學、感染學、查驗登記、GMP、臨床試驗及政府採購法等相關領域專家，組成採購評選委員會，並訂定疫苗效益。
如疫苗有效性、安全性、仿單規定適用年齡等，以及價格、廠商履約能力、供貨時效和穩定性、額外供貨配合度及廠商企業社會責任等評選項目，邀請領有流感疫苗許可證的廠商投標，就其疫苗產品提出符合採購案需求的供應計畫及報價，再由專家針對投標廠商所提供的計畫依評選項目進行評選，擇定序位前4名為最有利標廠商，並依各序位之供貨比例決標，相關採購程序皆符合政府採購法規定。
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