行政院表示，中方自4月12日起對我啟動貿易壁壘調查，我方即一再強調，台灣從未違反WTO規範；中方對我指控之措施在兩岸加入WTO時即已存在，當時雙方未就彼此貿易體制與措施進行協商，儘管中國農工產品對台灣有重大影響，但我方展現善意，從未使用排除條款，以保留諮商空間，中方多年來亦未正式提出異議及協商要求。
此外，行政院指出，中方無論是調查程序、分送問卷對象等均明顯違反WTO規範。行政院說明，WTO自1995年設立以來，對於會員間處理貿易議題訂有明確規範，明文禁止會員自行認定其他會員是否違反WTO協定，且任何片面啟動之調查，倘於過程中不透明及不與對手國政府諮商，執行時又充滿歧視性之作為，皆係違反WTO規範。
行政院痛批，現中方延後對台灣貿易調查日期至明年1月12日，也是台灣二合一選舉前一天，更加凸顯背後的政治動機，以及完全無視WTO的相關規範。
行政院強調，我方已多次表達，任何雙邊貿易問題均應依循WTO機制，透過雙方協商處理解決；也再次呼籲中方要回歸正軌，切勿一再政治操作貿易議題。
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