高端公費流感疫苗引發地方和中央間的爭議。 薛瑞元今早接受媒體聯訪時指出，並不特別推薦或反對使用哪種疫苗，「這不是我們的目的。」他表示，為民眾提供和購買的所有疫苗都是有效且符合資格的，但不希望有些「特別的操作」，讓民眾的疫苗接種進度滯後，從而在流感季節來臨時無法提供足夠的保護。
薛瑞元也喊話台北市政府「與其花時間爭辯，趕快把疫苗分配出去、趕快施打完畢，才是正辦。」
薛瑞元提到，今天衛生福利部將公佈公費疫苗接種率的數據，發現台北市在四個方面，包括65歲以上老年人、學齡前兒童、學生和醫護人員的接種率都相對落後。 他更進一步表示，與其爭辯這個問題，不如迅速分配疫苗並儘快完成接種才是正辦。
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