海基會11日發布新聞稿表示，明（113）年度人事費預算員額110人編列新台幣（以下同）1億5,404萬元2,000元，與112年度預算員額110人編列1億4,761萬元，在員額數並未增加，薪資標準也未有所調整。唯人事費預算數增列643萬2,000元，增幅4.36%，係因考績晉級、勞健保費率提高、各類人事費用（如退儲金、勞健保、考績獎金等）等自然成長，並無特別增加預算數。全國各機關皆然，海基會依法辦理。
海基會表示，依法接受陸委會委託，處理兩岸民間交流相關事務，包括業務執行與及預算編列與執行，都受陸委會監督。在113年人事費方面，獲陸委會補助款計9,314萬5,000元（占人事費預算60.47%），與112年7,362萬7,000元（占人事費預算49.88%）相較，雖增加1,951萬8,000元。但主要原因係獲陸委會補助款的比例增加，用以改善財務結構，提升服務功能，並非人事費新增加2,000萬元。
海基會強調，因此有關陳玉珍委員所指稱海基會新增2,000萬元人事費預算，是指實為增加1,951萬8,000元，且係為政府補助款與海基會自籌款間比例之調整。海基會明年度人事費相關預算員額、薪資標準均與112年標準相同，除依法自然成長的費用外，並無特別增加。海基會未來仍將秉持撙節之精神，控管人事費支出。
海基會表示，今年初新冠疫情趨緩，兩岸各種實體交流逐漸恢復，海基會服務案件數量遽增，112年1至11月計33萬9,875件，較去年同期大幅增加58.68%，雖業務大幅增加，但未增人事支出，且提升服務品質為兩岸民眾排憂解難，獲得外界好評。
對於陳玉珍委員的批評，海基會也會虛心接受指教，努力開源節流，並做好溝通說明。
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