教育部長人事案公佈隔天，藍營立刻群起圍攻，中央黨部、立院黨團分頭開記者會，砲轟準教育部長吳茂昆。
黨中央秀出資料，2010年4月，吳茂昆的名字，出現在中國高等科學技術中心顧問職位，這個中心還是中國財政部支持，質疑他受中國政府資助。接著再批2016年蔡政府上台後，吳茂昆也是「中國高能物理研究所」的顧問。
藍營還列出吳茂昆曾經到中國多間大學開講座，擔任中國科學院顧問，更在東華大學校長任內，接連爆發溢領獎助金176萬、掏空校務基金、成立建設公司炒地皮等負面傳聞。
而現在爭議還未解，前總統府副秘書長羅智強，又在臉書分享，有網友向他爆料，2004年吳茂昆擔任國科會主委時，又擔任中國「西部超導材料科技有限公司」的技術顧問。而它的母公司是西北有色金屬研究院，是大陸「軍用」稀有金屬科研生產基地。他呼籲新教長吳茂昆，都必須站出來講明白！
對此，吳茂昆隨後也發表聲明表示，「這完全是莫須有的指控」。他2004年還在擔任國科會主委，不可能接任何中國的職務。新教長還沒上任，就爆出一堆爭議，未來的路怎麼走，大家都在看。
（民視新聞／綜合報導）
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