藍營議員擬參選人集結，到北檢按鈴告發，準教育部長吳茂昆違反《兩岸人民關係條例》和《國家機密保護法》，因為他們質疑，吳茂昆在國科會主委任內，違法兼任中國官方、民間公司顧問。
國民黨台北市議員擬參選人游淑慧指出，「這家公司是一家軍用公司，他是提供中國國防武器的一家公司，這是這家公司在2010年，要募集資金的募集說明書，這是有法律效力的，這裡面也清楚地把吳茂昆，也列入他的技術顧問裡面，所以吳茂昆再怎麼否認，現在有一份這樣的法律文件出來。」
而台灣社社長張葉森為吳茂昆緩頰，表示「現在接任的部長，我們也覺得他非常的優秀，我們知道他對台灣本土、對台灣的教育非常關心，在台灣前途懇談會在花蓮舉行的時候，他不但非常支持、非常幫忙，而且提供我們很好的意見。」
不過藍營窮追猛打，指控吳茂昆兼任中國科學院顧問，在2004年以及2010年，還當了在中國有軍系色彩的西部超導科技公司顧問，還曾經留下這張照片，這間公司，因為是中國軍用稀有金屬科研生產基地，如果吳茂昆當時在台灣擔任要職，不僅身分敏感，還有違反國家機密之虞。
台灣教師聯盟理事長蕭曉玲也認為，「新的教育部長吳茂昆，當然有人問我們說，他好像有很多的爭議性，他如果他自己本身有問題，希望他明天（4月19日）交接典禮，他自己能夠說清楚、講明白。」
面對指控，吳茂昆4月18日晚間發出聲明，他說和中國國科院，只是單純學術交流，提供專業諮詢，沒有接受任何職務。而擔任西部超導科技公司顧問，吳茂昆表示，他在2000年有提供台灣超導國際非正式諮詢，但2003年台灣超導國際和西部超導科技，彼此交叉持股，西部超導卻逕自將台灣超導國際曾諮詢過的人員，全列入成員，他絕對沒有接受該公司的任何職務邀請。
新任教育部長還沒上任，爭議不斷，吳茂昆用千字聲明，捍衛自己的名譽。
（民視新聞／顏辰州、陳信諺、李佳泓台北報導）
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