空軍黑鷹直升機，失事墜毀後，總統暫停行程，到宜蘭關心慰問，然而大選的對手宋楚瑜，卻認為總統該去的是衡山指揮所，「應該立時立刻停止選舉活動，趕回我們的衡山指揮所去指揮，憲法規定相關的最高指揮的系統，是三軍統帥，我們的國家元首，我從來沒聽說修法之後，行政院院長可以代行總統的職權。」
宋楚瑜更主張，參謀總長是軍令最高代表，遇險失聯，應該由總統迅速穩定指揮體系，行政院不該搶著說明，侵犯統帥權。
總統府為此特地聲明：「國防二法修正多年，軍令軍政系統早已一元化，而國防部長，第一時間就已經向總統報告」。
而熟悉軍方系統的專家，也不認同總統必須為此進入戰備，資深軍事記者吳明杰指出：「在那個時間點，如果擔負三軍統帥的蔡英文總統，馬上就進入衡山指揮所，可能會引發外界質疑，因為等於間接證實，是不是總長已經殉職？而且特別是在那個時間點，如果總統直接進衡山指揮所，會把這個情勢升高，甚至會引發社會一些質疑，譬如兩岸之間，對岸解放軍是不是有一些異常的發展？事實上國防部長直接進去衡山指揮所，我覺得就已經可以關注到，整個臺海兩岸的局勢。」
進入民主時代，加上通聯發達，當今我國元首，大多只在重大天災、兵推或實兵演習，還有敵情升溫時，才需視狀況，進駐衡山或圓山指揮所。
假設總統以三軍統帥身分，決定是否交戰後，由國防部長上意下達，因為部長雖然大多是退役上將出任，但實質上，已經屬於文職政務官，身為現役軍人最高位階的參謀總長，才是聯合作戰指揮官。
蔡英文表示：「今天上午我召開了國防軍事會談，提出了三個確保，下午我也立即來視察，來穩定你們的軍心。」
總統視察聯合作戰指揮中心，也走訪了總長辦公室，為了穩定軍心，也對外界喊話，別再糾結於指揮鏈誰該進退，應該齊心度過難關。
（民視新聞／葉郁甫、宮仲毅 台北報導）
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