中央目前開放第7類族群施打疫苗，但台北捷運並沒有包含在內，讓柯文哲再度槓上中央，直接宣布7月5日開放北捷第一線人員施打疫苗，目前北捷造冊7000人，先施打500名工作人員，指揮中心也回應，現在交通部也積極做調整，會在既有的分配量內進行調整，要滿足更多需要。

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3級警戒期間，北捷穿梭雙北存在極大風險，加上確診數下降，也讓運量慢慢回升，對比前兩週，假日運量沒明顯增加，但看到平日單日平均運量，6月21日~6月25日約57萬人次，上週達到約61萬人次，運量明顯增加，讓北捷員工人心惶惶，不過現在北市府開放北捷一線人員接種，讓不少人鬆了口氣。

北捷已經大幅增加消毒作業，過去車廂8小時清消一次改成4小時，站內消毒也從4小時縮短到2小時，但這樣還不夠，現在開放疫苗接種，北捷盡可能讓一線人員都施打，依風險順序造冊，第一線人員就有7000多人，7月5日先接種第一波500人，主要有站務人員、保全、清潔人員等等，後續施打日期將配合北市府規劃。北捷站務處副處長林榮輝說，「先安排有意願、風險高、時間允許的人員施打疫苗，北捷也準備配套措施，不影響營運。」