對於外界質疑疫苗效期太短，莊人祥解釋，國際間疫苗供貨不穩定，交貨時程較難確定，但指揮中心評估國內接種量能後，確認可在效期內接種完畢才接受這批疫苗，相信能在效期前施打完畢，同時提高國內第2劑疫苗覆蓋率。
對於莊人祥的說法，柯文哲痛罵「一聽到就知道很離譜疫苗供應不足，一出廠就應該馬上被買走，怎麼會是快到期了？柯文哲甚至說「他（莊人祥）智商不到70嗎？」與其找些理由，不如直接認錯就好，囉哩叭唆講一大堆幹什麼？
美的好朋友粉專在臉書列出莊人祥學歷，並表示說別人智力不到70，其實就是在說智能障礙的意思。而柯文哲一定知道莊人祥智商超過70，這樣講，其實就是換句話說別人智能障礙而已。
「美的好朋友」強調，他們不認為一個醫師應該使用這樣的言語。建議柯市長應該出來對莊人祥副署長道歉，也應該對全國的身心障礙者道歉。
針對柯文哲的批評，莊人祥淡定回應「我想我們只希望，讓需要施打第二劑的人儘快施打到」。指揮官陳時中也說，「人不是只有智商而已」，人就是人，現在講的是「全人」，不是單一誰的指頭長、誰長得比較高，人有個別特質，但用這樣污名化別人，坦白說「這樣不好」。
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