針對黨中央的布局，徐巧芯在臉書上強調「同舟共濟是好事，但更重要的是跟誰同舟、為什麼同舟，以及上船的辦法是否合理公義」，點出「這件事是否死灰復燃，會以另一種形式出現？令人憂心」；她進一步指出，自己過去曾開記者會「反對當時程序正當性有問題的傅崐萁回復黨籍案，後來不管是為了國民黨的形象，還是考量到程序不周延，總之國民黨並未處理該案」。她坦言「雖然當下引起不少爭議，但隨著後來傅崐萁入獄，回想起來我們也算是為國民黨擋下了一顆炸彈」。
徐巧芯認為，同舟計畫「應該只能適用於自行退黨或失聯的黨員，不包含被開除者，否則考紀會將形同虛設。她強調，若黨中央「按照正常的考紀程序走，沒人會有意見，也沒人能有意見。不過若以同舟為名，開了一個巧門，那不僅是因人設事，更有可能以後人人走上這條路」。她直言，前國民黨主席江啟臣「在黨紀、黨籍、黨譽的處理上，是真正具有改革精神且予以實踐的」，也警告黨中央若開先例，考紀會將形同虛設。
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