傳出香港方派員前往台灣蘋果日報大樓接管資料庫和銀行帳戶，引發個人資料安全洩漏疑慮，文化部於8月24日發函要求台灣蘋果日報於10日內，訂定個人資料檔案安全維護計畫或業務終止後個人資料處理方法，不過文化部本月6日表示，台蘋未具體說明詳情，要求台蘋10日內「限期改正」。
針對文化部前於9月7日發函台灣蘋果日報「限期改正」，台蘋於期限內回函卻仍未具體說明個資處理情形，文化部依個資法處以10萬元罰鍰，並要求7日內改正。文化部今（30）日表示，台蘋於第二次限期改正回函，已說明個資內容、蒐集時間及停止處理或利用的方式等。
文化部指出，將要求台蘋具體落實處理及提供執行程序相關佐證，同時提醒若個資蒐集特定目的已消失，後續仍應依個資法11條規定刪除所保有個資。
文化部指出，台蘋在第一次限期改正期限前回函表示，「本公司已於111年8月31日資遣所有員工，只留下少數人員，處理善後之工作到111年9月30日止」、「未來並未有繼續經營新聞業務計畫」，並且「將辦理廢止分公司登記事宜」，對於個資僅說明員工資料處理方式，其他各項個資處理情形則未具體說明及提送維護計畫。
台蘋於第二次限期改正回函中，已提供人事系統的人事資料刪除證明。對於其他所管理資料庫則說明，有部分屬未公開，包含投稿者、受訪者、作家、投訴爆料者、會員、訂戶等，足以直接或間接方式識別個人資料的影音、圖片或其他資料，規劃採取刪除權限、斷電、3層門禁等「停止處理或利用個資」方式，並將提供錄影存證。
文化部表示，蘋果日報在台近20年期間，具體證明台灣新聞自由的珍貴價值。但是，文化部也多次強調，外界質疑台蘋所保有個資將遭不當利用或跨境傳輸等一切紛爭，皆起於香港國安法對於創辦人黎智英及港蘋之迫害。因此，為能妥善保護國人個資，文化部要求台蘋應具體落實個資保護程序及提供證明，實踐「依法處理，以符合中華民國法律規定」的對外承諾。
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