【以下內容含有《進擊的巨人The Final Season完結篇（後篇）》劇透，請斟酌觀看】
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後篇一開頭就是調查兵團們同心協力，試圖阻止變成最終形態，正進行滅世計畫的艾連。（圖／翻攝自巴哈姆特動畫瘋）
本篇劇情緊接著前篇內容，一開頭就是調查兵團們同心協力，試圖阻止變成最終形態，正進行滅世計畫的艾連，只見艾連身上出現許多歷代的「九大巨人」，光靠調查兵團幾個人根本無法戰勝，因此阿爾敏決定變身超大型巨人炸掉艾連的骨架，沒想到卻不小心遭到其他巨人擄走，生死未卜。
里維兵長身受重傷。（圖／翻攝自巴哈姆特動畫瘋）
這一擄走瞬間讓調查兵團計畫大亂，不僅要防備歷代九大巨人的攻勢，還要想盡辦法救出阿爾敏，由於敵方攻勢太猛烈，就連有著巨人之力的萊納、皮克，都被打到不成人形，最強人類里維兵長也為了救柯尼受傷，但在千鈞一髮之際，由法爾可變成的顎之巨人隨即趕上，成功救下調查兵團一行人。
由法爾可變成的顎之巨人隨即趕上，成功救下調查兵團一行人。（圖／翻攝自巴哈姆特動畫瘋）
接著雙方再度展開戰鬥，連有著女之巨人之力的亞妮也不再逃避，與調查兵團一同對抗艾連；與此同時，稍早被擄走的阿爾敏，他的心智也進入了只有艾爾迪亞人能進入的「道路」，並在道路內遇到了艾連同父異母的哥哥吉克，2人在談話過後，喚醒了部分的九大巨人，因此戰情瞬間逆轉，原先攻擊調查兵團的歷代九大巨人，開始出現內鬨，吉克的真身也終於亮相，並在認知到自身錯誤後被兵長斬殺。
吉克遭到兵長斬殺。（圖／翻攝自巴哈姆特動畫瘋）
由於吉克遭到斬殺，因此「地鳴」的發動條件受到影響，原先踩平世界的巨人們也終於停下腳步，約翰也在眾人幫助下成功炸斷艾連的後頸，但這一炸也讓躲在後頸的怪誕蟲竄出，此時阿爾敏終於變身超大型巨人，強大的威力果然炸光了艾連的骨架，但他並沒有就此死去，反而變為超大型巨人與阿爾敏再次對決。
艾連變為超大型巨人。（圖／翻攝自巴哈姆特動畫瘋）
至於稍早的怪誕蟲則默默在一旁散發蒸氣、煙霧，原先大家還不曉得身旁的霧氣為何，但柯尼馬上察覺到問題，發現這霧氣和他媽媽變身成巨人時的場景一樣，只要艾爾迪亞人吸入就會變成無垢巨人，兵長聽完後便隨即要求米卡莎、皮克、法爾可和他一同撤退，以免遭到無垢巨人攻擊，但留下來的柯尼、約翰、賈碧以及一般民眾便只能無奈地接受自己變成巨人的命運。
柯尼、約翰、賈碧以及一般民眾，無奈地接受自己變成巨人的命運。（圖／翻攝自巴哈姆特動畫瘋）
而在艾連與阿爾敏對戰的同時，米卡莎也終於下定決心殺掉艾連，並在兵長協助下衝進艾連口中，成功將艾連的頭砍下，但在砍下去的前一秒，米卡莎依舊面露不捨，原先緊閉雙眼的艾連也終於睜開眼睛，但這一對視，也是2人最後一次出現在彼此雙眼當中，米卡莎也在親手殺掉艾連後，親吻了艾連的頭顱。
艾連在米卡莎刀下死去。（圖／翻攝自巴哈姆特動畫瘋）
接下來便是艾連與阿爾敏在「道路」中的對話，艾連透露了自己的心路歷程，與自己為何要發動地鳴的原因，平時相當有男子氣慨的他，也終於受不了，含著眼淚向阿爾敏坦白「我才不要米卡莎有別的男人，我希望她這輩子心裡只有我，至少希望我死後，她能繼續掛念我十幾年」，最後在理解想法後，2人相擁而泣，艾連終於離開人世，稍早變成無垢巨人的艾爾迪亞人也恢復原狀，也同樣在道路中理解了的艾連的想法。
艾連（左）與阿爾敏（右）2人相擁而泣。（圖／翻攝自巴哈姆特動畫瘋）
在故事最後，巨人之力徹底從世界上消失，艾連也終於完成了小時候曾說的「把巨人一個不留的驅逐出去」的夢想；阿爾敏、約翰、柯尼、皮克、亞妮，則在3年後成為帕拉迪島擔任交涉和平的聯合國大使；米卡莎則是1個人默默守在艾連墓前想念，就在她痛哭失聲時，來了一隻鳥替米卡莎披上圍巾，而米卡莎也將這隻替她披上圍巾的鳥視為艾連，說了一句「艾連，謝謝你替我圍上圍巾」。
米卡莎痛哭失聲時，來了一隻鳥替她披上圍巾。（圖／翻攝自巴哈姆特動畫瘋）
值得一提的是，在片尾曲時，帕拉迪島未來確實有了短暫的繁榮，即便有了高樓大廈，但到最後依舊發生了戰爭，艾連的墓碑也被樹木掩蓋，一旁還多了幾顆彈殼，象徵著人類在領悟錯誤後還是會一再重複，最後則是出現了1位正在探索遺跡的小男孩，默默地走進過去讓尤彌爾獲得巨人之力的那棵大樹。
最後出現了1位正在探索遺跡的小男孩，默默地走進過去讓尤彌爾獲得巨人之力的那棵大樹。（圖／翻攝自巴哈姆特動畫瘋）
在《進擊的巨人The Final Season完結篇（後篇）》一播出後，瞬間引發網友們熱烈討論，更登上推特世界趨勢榜第1名，網友們紛紛大讚「謝謝，這十年是很精彩虐心的冒險」、「真的看哭了」、「感謝諫山創老師」、「絕對神作！」、「雖然很期待結局，還是不敢相信真的結局了」、「永遠的神作」、「真的好好看，當初追動畫，沒想到就過了10年」、「21世紀最偉大的作品」。
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