強震導致東部鐵路中斷，不僅有大量落石阻礙軌道，還有多處軌道受損。迄今已發生超過300次餘震。考慮到清明連假即將開始，台鐵負責東部運輸的重要角色，積極全力進行修復工作，在餘震仍持續的情況下，於今早恢復雙線運行。
交通部長王國材表示，台鐵正全力以赴搶通花東鐵路。原本宜蘭至花蓮雙線預計在今天中午前完成搶通，但已提前至今早全線恢復正常運行。台鐵公司表示，今天將全力搶通雙線，以確保全線正常運行。考慮到台9線蘇花路中斷，台鐵今天還將增開宜蘭至花蓮間的區間快車10列次。
台鐵指出，崇德車站的第一和第二月台受到地震損壞，為確保乘客安全，在完成結構鑑定前將暫停使用，不開放客運。台鐵公司提醒，若持有4月3日全線車票或4月4日起至花東地區車站未使用的車票，可在4月3日起一年內前往車站辦理退票，不收取退票手續費。若有來回程車票，也可一併辦理退票。
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