全案緣於2023年4月22日，台鐵一列由宜蘭縣南澳站開往新北市樹林站的第4111次區間車，冒進顯示險阻（紅燈）之出發號誌機，列車自動防護系統啟動緊急緊軔將事故列車煞停。
當天列車停車後，司機員操作列車自動防護系統介面，將防護模式改成「司機員責任模式」後繼續行駛，但列車駛越過南澳站尚未開通的第19號道岔造成尖軌變形，並繼續往下一停靠站行駛，後續列車仍依表訂時刻運轉至終點站樹林站，所幸本次事故未造成人員傷亡。
針對肇事可能因素，運安會指出，事故列車司機員誤認南澳站第5股道「上行出發號誌機」所顯示的是當次車出發號誌，即依南澳站顯示錯誤的出發號訊操控列車向站外行駛，因此才闖紅燈，而當ATP系統啟動防護觸發後，司機員卻認為是地上感應子故障所致，因此沒有執行闖紅燈後應採取的相關措施，逕行改成「司機員責任模式」繼續向站外行駛，造成未開通的南澳站第19號道岔變形。
運安會指出，台鐵南澳站第6股道「上行出發號誌機」視距條件不良，不利於上行列車司機員確認出發號誌機之顯示。而綜合調度所值班調度員以手動方式，擬預設停放在第6股道事故列車的上行出發路徑，卻錯誤設定第5股道上行出發路徑，直至事故列車發車時，均未發現並修正。
運安會表示，與風險有關的部分包含包含南澳站值班站長於待命時段，卻未依規範親自對事故列車顯示出發號訊，而是交由未符合資格的值班站員辦理，但值班站員未接受過運轉員班行車訓練，可能不熟悉行車室就地控制盤、月台出發反應標誌等行車設備顯示內容，發覺第6股道上行出發號誌未被建立。
此外，台鐵局針對司機員冒進號誌的處置訓練，多採口頭提示、講義閱讀、紙本作答等方式進行，並未以模擬機方式執行實際訓練操作，運安會認為前述作法不利人員對ATP人機介面操作的熟悉度。
運安會強調，在有列車發生冒進號誌的情況下，台鐵局綜合調度所行控室及車站就地控制盤並無相關告警，不利於行車人員察覺異常狀況。
至於其他調查發現，事故當日南澳站除值班站長外，其餘人員均未具適任人員資格，當值班站長依表訂時間休息時，全站並無替代人力可協助值班站長辦理台鐵局行車特定事項第148條之1所列之行車事項。
運安會對台鐵公司提出2項安全改善建議，包含：一、改善南澳站第6股道上行出發號誌機視距條件不良問題，並檢視南澳站各股道號誌機是否存在相同問題，以提升司機員對號誌機的接收反應時間。二、檢視司機員模擬機訓練內容，增加司機員「冒進號誌後之處置程序及操作技能」之模擬情境。
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