碧山國小在日治時期就已經存在，當時的名稱為乾溝國小，民國60年才被改為碧山國小；直到台北市政府決定推動翡翠水庫的興建，在民國75年碧山國小與當時最大的聚落碧山村才一起沉入水中。但碧山國小並沒有就此與世隔絕，在沉入水底後的十幾年，碧山國小曾經公開「露臉」過一次，民國91年當時因北部水情吃緊讓翡翠水庫見底，但也讓碧山國小得以重見天日。
（翡翠水庫／取自臺北翡翠水庫管理局）
據《三立新聞網》報導，當時碧山國小第一屆校友林先生回憶學校往事提到，以前山上無法坐車，全靠走路上學，當時學校甚至沒有老師，每讀3天書就休息4天，一直到自己12歲學校才正常運作；後來自己為了找尋母校遺址，林先生還曾獨自一人划船至水庫，最後卻什麼都沒有發現。雖然現今南台灣進入缺水警示，但北部目前供水相對充足，翡翠水庫蓄水率仍超過八成，若民眾若想要目睹失落的國小的風采，以現階段來說是有困難的。
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