根據《自由時報》報導，國安單位指出，中共鎖定台灣高科技產業竊密、挖角、滲透至竹科，在清大成立「新竹辦公室」則是鎖定台灣高教科研成果；至於清華海峽研究院，是2014年由廈門市政府、北京清大、台灣清大校友會共同簽訂組建協議，隔年揭牌成立。據了解，該研究單位在2016年利用「自強工業科學基金會」的身分，向清大承租校內空間並設立「清華海峽研究院新竹辦公室」、「兩岸產業促進中心」，協助中企挖角台灣人才，整合雙方人才及研發優勢。
但有官員透露，依照兩岸條例第四十條之二規定「大陸地區之非營利法人、團體或其他機構，非經各該主管機關許可，不得在台灣地區設立辦事處或分支機構，從事業務活動」，該行為已經明顯違法，且教育部指出「查無相關報部記錄」，主管機關應立即開罰。
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