海巡署指出，新海研1號於9月29日上午11點，在花蓮港東南方69浬進行科學研究，透過雷達發現不明船隻靠近，經辨識是一艘日本公務船隨即通報。海巡署立即出動在花蓮港外的花蓮艦，趕赴部署在兩船之間，避免研究船工作期間遭到干擾。
根據《中國時報》報導，花蓮艦當天中午以英語、日語向日本公務船廣播「此處為我國專屬經濟海域，請勿在此干擾我方船舶作業。」日本公務船也隨即廣播回應「此處為日本專屬經濟海域，請勿進行未經同意之科學研究。」
由於新海研1號作業區域達花蓮港東南78浬，屬於我國主張200浬專屬經濟海域，範圍與日本主張的經濟海域重疊。廣播後3艘船隻沒有進一步動作，直到晚間9點15分，新海研1號離開敏感水域後，日本公務船也隨之離開。
新海研1號長66米、總噸數為2155噸，具40天續航力，配備動態定位系統，可根據隨船儀器所測到的風速和風向，即時修正船隻位置，精準進行海上定點探測，亦配有精良的海底探測系統，更具備船艏氣象塔，可隨航收集氣象資料，並透過人造衛星通訊即時回傳氣象局，達到延伸陸地氣象觀測的目的。
大氣、海洋的聯合觀測為新海研1號的任務之一。（圖／翻攝自台大海洋研究所網站）
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