監察院首先表示，審計部於日前提出111年度中央政府總決算審核報告，院會中陳菊表達尊重審計部獨立行使職權，惟針對外界對審計部提出之決算審核意見有不同解讀，如有誤認，期許審計部設發言人，就職權性質及報告意旨，予以明確表達適度澄清，方不致引起社會大眾誤解。
監察院指出，就此，與會監察委員亦有表達相同意見，建議審計部宜就外界錯誤解讀，或斷章取義部分，設發言人對外說明，或發布新聞稿予以即時澄清。相關發言紀錄皆有所載，並公布於監察院全球資訊網，可受公評。
監察院表示，依憲法增修條文第7條第1項規定，監察院為最高監察機關，行使彈劾、糾舉及審計權。又監察院會議規則第2條第2項第8款規定，審計部審計長、副審計長應列席院會。同規則第3條第3款規定，關於審議中央及地方政府總決算之審核報告事項，應提出院會審議。是以，關於總決算審核報告事項依法為院會處理事項，且審計權為憲定監察職權。
第二，監察院說，依據決算法、審計法相關規定審議審計部提出之決算審核報告，係屬法定職權，與審計人員法定獨立職權並無扞格，各界應予尊重。監察院表示，依據審計法第17條、第20條及第69條規定，審計部針對各級政府及其所屬機關績效，有無涉及未盡職責或效能過低情事；各機關人員有無涉及財務上不法或不忠於職務上之行為；及查處各機關不為負責答復或答復不當案件，依法即應報監察院處理。又依據審計法第34條規定，審計部應將決算審核意見送陳監察院審議。監察院依據「監察院審議中央政府年度總決算審核報告辦法」、「監察院審議地方政府總決算審核報告辦法」，由各常設委員會審議。
監察院表示，與審計部均是依據法律獨立行使職權，不論審計部依據審計法陳報監察院之案件，或依據審計法、決算法將決算審核報告送監察院審議，均屬適法職權之行使，各界應予尊重。
第三，監察院強調，陳菊對於審計部獨立行使職權向予尊重，期許根據事實即時澄清，媒體報導指為干涉審計職權，與事實不符。監察院說明，陳菊向來恪遵憲法分際，於監察院院會中一再重申對於審計獨立行使職權之尊重，並無干涉或影響審計職權情事，尚祈各界尊重監察院與審計部職權之運作。
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