海洋委員會海巡署下午透過新聞稿說明，「挖泥船適用兩岸條例，不適用2015年公告」。第一，依據「台灣地區與大陸地區海運直航許可管理辦法」，運送客貨之船舶航經台灣地區之金門、馬祖限制或禁止水域入出中國地區直航港口，所經航路或航道，交通部得依實際需求，會同有關機關劃設公告，並刊登政府公報，船舶應依公告之航路或航道航行。
第二，海巡署指出，交通部、國防部及海巡署依前揭規定，於2015年7月31日會銜公告「運送客貨船舶航經金門限制或禁止水域入出大陸地區廈門港（劉五店港區）航道圖」，並律定航經金門限制或禁止水域入出中國地區廈門港（劉五店港區），須於抵報到線時，向金門港務電台以極高頻無線電話報到經同意後，循指定航道航行。
最後，海巡署表示，查近期海巡署於金門海域偵獲中方挖泥船非屬客、貨船，亦未依相關規定，事先向航政機關申請專案許可，故海巡署逕依「台灣地區與大陸地區人民關係條例」執行驅離等措施，相關作為均符合法令規範，特此澄清。
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