民航局表示，昨日大地震導致花蓮、宜蘭間鐵、公路中斷，民航局緊急協調航空公司加開班機，兩天下來，共疏運近1200名旅客。民航局花蓮航空站主任林國勇表示，昨晚有50餘位旅客，來不及離開花蓮，民航局長何淑萍特別指示，開放航站大廳讓旅客休息，並要求航站準備點心與飲水提供給旅客，滯留旅客上午已經全數搭機離開。
交通部次長林國顯今日也特地趕往花蓮機場，慰問航站同仁與航空公司員工。林國顯表示，地震在疏運期間發生，航空公司在非常吃緊的運能中「擠」出加班機，真的非常不容易，全程也都善盡服務旅客的責任，他要代表交通部感謝大家。
另，金門地區昨天因為濃霧影響，航班全數取消，不僅要返鄉掃墓的民眾行程延誤，要離開金門的遊客也被迫滯留；民航局昨天已經先啟動B計畫，利用海運疏運旅客，今日在濃霧退去後，除了B計畫繼續執行，A計畫的加班機與C計畫的軍機，也都投入疏運。
民航局統計，昨日與今日B計畫共支援5航次船班，搭載旅客近1400人次；在國防部協助下，今日已支援4架次軍機，分別自台北、高雄疏運旅客，疏運280人次。
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