台南市長黃偉哲表示，為避免影響農民耕作權利，除園區周界設立隔離綠帶外，並於有機農民耕作一側再加大區隔範圍，最高至130公尺以上，另於園區保護生態方面，以「迴避」、「縮小」、「減輕」、「補償」之原則作生態檢核，並經園區配置及規模調整，保留2公頃之塊狀綠地，提供棲地復育及棲地補償，同時針對現有造林環境，規劃原地保留部分喬木，並篩選種植誘鳥誘蝶樹種，營造生態棲地，此外於南沙崙農場46耕區 (約15公頃) 規劃為樹木銀行，以供喬木區外移植之用，爰此，本園區既有喬木將全數透過區內原地保留及區外移植台糖土地 (成立樹木銀行) 進行保留，並未砍樹。
鄰近沙崙科學城的綠能產業園區，南市府正在推動報編作業。（圖／台南市政府提供）
有關園區淹水及排水議題，本案配合排水系統整治及水利局核定之出流管制規劃報告，以環境營造兼顧防洪減災之附加價值，導入低衝擊開發設計理念，且園區規劃設置滯洪池，已將基地淹水補償體積納入滯洪體積計算，不致增加港尾溝溪之排水負荷；另考量因應極端降雨，設置簡易抽水設施作為緊急應變使用。
台南市政府更為了降低空氣污染環保衝擊，引進低污染、排除具有管道排放、符合健康風險評估無關聯原則產業為主，並以老舊機車汰換電動車、淘汰柴油公車為電動車及餐飲業加裝防制設備等項目進行抵換，共同為保護環境盡份心力。
經發局局長林榮川表示，園區開發申請期間，仍將持續與在地鄰里做溝通，接納參酌里民及鄰近有機農場意見，期間當地大武崙綠能園區促進會及多位里長提送約1,200份「要環保也要發展」支持聯署書，臺南市政府本於支持地方心聲，再次研討縮小規模、降低三分之一開挖填土量與加強改善淹水防洪設施，雖提高開發成本，但希望盡力維護當地自然景觀，在經濟發展與環境生態下共創雙贏。
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