輔大診所原先設立的目的是為輔大附設醫院預做準備，根據新北地檢調查，2007年間輔大診所管委會首次會議做出決議，建議將診所私立醫療機構性質變更為輔仁大學附設，但江漢聲未照做，反而找來曾任職輔大醫務室的詹姓醫師，以私人名義申請開業。
檢方指出，江漢聲自2007年起，三度指示下屬以「醫學院學生臨床技術學習相關活動」、「學生醫學服務學習活動經費」等名義向輔大請款400萬元，再挪借給輔大診所。
據檢方調查，2015年起輔大診所因負責人及合夥人欠稅及罰鍰等問題，以及被輔大會計室催討返還借款，導致診所資金捉襟見肘，為解決資金問題，江漢聲涉嫌與林依恬、洪啟峯合謀，將金額250萬元的「社區醫療勞務委託案」以校內限制性招標外包給輔大診所，並由輔大校產基金支應，輔大診所取得後拿來支付薪資、欠款等。
一審判決出爐後，江漢聲發聲明表示，他擔任醫學院院長期間，受時任校長指示協助成立輔大診所，輔大診所就是輔大所有，根本不可能背信輔大圖利輔大診所，為爭一生清白，絕對會上訴到底。
江漢聲指出，起訴書中已認定輔大實際經營及管理輔大診所，輔大診所就是輔大所有；也證實無任何金錢流入個人口袋，因此絕無可能背信圖利。對於司法針對他不公平判決，他深感冤屈，不能接受。
江漢聲說，他自2002年到輔仁大學服務逾20年，兢兢業業，在董事會嚴格監督下，全心努力為學校募款已逾30億以上並為輔大興建醫院、爭取各種資源，帶領輔仁大學發展，絕不可能圖利自己與他人，更沒有違背職務損害輔大利益，而名譽是他的生命，為爭清白，絕對上訴到底。
《民視新聞網》提醒您：「任何人在依法被判決有罪確定前，均應推定為無罪」
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