蔡英文在告別式中，先頒發褒揚令，由李應元遺孀黃月桂代表接受。隨後在司儀引領下於靈前獻花，並行三鞠躬禮致祭，離場前，蔡英文向家屬慰問致意。
李應元胞弟李宗明接受訪問時表示，李應元將植存於法鼓山金山環保生命園區，回歸大自然，化作春泥更護花。他提到，哥哥是一個很注重環保、很有環保理念的人，所以即使到生命的最後一刻，也用實際行動來實踐環保理念，「零廢棄、零掩埋」。
李宗明也提到，其實哥哥、嫂嫂都是希望後事能夠低調、莊嚴，以最簡單的方式瀟灑離開，不要打擾到大家，「所以這些花都是不必要的，我有暗示朋友將這些好意拿去做公益」。他也說到，有感受到總統與府方的關心與幫忙，給李應元應該有的尊榮。
蔡英文則透過臉書表示，這就是他們認識的應元，即使到了生命最後一刻，仍用實際行動，實踐環保理念。她也說到，大家都很懷念守護台灣的李應元，未來，不論台灣遇到任何挑戰，永遠都會記得，李應元笑著說「沒要緊」的堅定態度。
回顧李應元的過去，可以看到他曾因為參加台獨活動被列為返國黑名單，也因為靈活的交際手腕被喻為「天生的外交官」，他盼年輕人要對台灣有信心，「這個世界很美麗，台灣也是」。
總統褒揚令全文如下：
外交部駐泰國前大使李應元，亮達朗潤，瑋器敏周。少歲卒業國立臺灣大學公共衛生學系研究所，旋負笈遊美，獲哈佛大學醫療管理碩士暨北卡羅萊納大學醫療經濟學博士學位，淬琢記聞，囊錐露穎。遄返歷任四屆立法委員、行政院秘書長、雲林縣副縣長等職，審謀部會政策調處，體現地方民意需求，適時應務，洞若觀火。
於掌執勞工委員會暨環境保護署任內，打造「快樂勞動、循環經濟」願景，催生「臺灣勞工」刊物，力促勞動權益保障；嚴明職場安全維護，構築風險管理機制，復倡提資源永續利用，加速空氣品質改善；張拓綠色循環概念，踐履無塑海洋目標，折衝運箸，宵衣旰食；謨深慮遠，胸臆自出。
尤以出使美國副代表暨駐節泰國期間，厚植臺美互信基礎，支持參與國際組織；協成對臺重大軍售，確守兩岸武備平衡，嗣強化臺泰醫衛交流，集結朝野友我能量；推升雙邊經貿關係，悉心商情媒合措置，壇坫馳騁，榮邦睦誼，爰有「天生的外交官」令譽揚聲。詎意鴻猷迭展，迺以茂年驟逝，悼惜曷勝，應予明令褒揚，用彰俊彥，而表遺徽。
蔡英文臉書發文。（圖／取自蔡英文臉書）
（民視新聞網／綜合報導）
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