針對金門快艇翻覆案，民眾黨立委麥玉珍提案要求成立調閱專案小組，獲得內政委員會召委高金素梅，及國民黨立委丁學忠支持。莊瑞雄認為，本案已經由地檢署偵辦中，怎麼可能「檢察官扣起來了，立法委員再去把它扣過來」，批評藍白立委完全只是想擴權。莊瑞雄也示警，若此案首開先例，未來恐怕會有更多立委干預地檢署案件的情形發生。
「調閱小組」的提案被質疑有違憲之虞，最終決議暫緩處理。莊瑞雄提到，此案引起太多想像空間，於是國民黨團總召傅崐萁首先縮手，麥玉珍態度也軟化，才讓這起爭議落幕。不過，莊瑞雄批評，國民黨立委質詢的過程中，頻頻打斷官員發言，「這是哪門子的立法委員」，呼籲立委質詢前應該準備好，而不是只會靠打斷官員來營造「自己很厲害」的假象。
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